Struktur maupun fungsi sistem pernafasan manusia dapatmengalami gangguan atau serangan penyakit. Antara lain:
1. Asma, merupakan penyakit penyumbatan saluran Pernafasanyang disebabkan alergi terhadap rambut, bulu atau kotoran.
2. TBC, penyakit paru-paru yang diakibatkan oleh serangan bakteriMycobacterium tuberculosa. Difusi oksigen akan terganggukarena adanya bintil-bintil atau peradangan pada dindingalveolus. Tuberkolosis atau TBC adalah infeksi karena bakteriMycobacterium tuberculosis, yang dapat merusak paru-paru tapidapat juga mengenai sistem saraf sentral (meningitis, sistemlymphatic, sistem sirkulasi (miliary TB), sistem genitourinary,tulang dan sendi. Indonesia berada dalam peringkat ketigaterburuk di dunia untuk jumlah penderita TBC. Setiap tahunmuncul 500 ribu kasus baru dan lebih dari 140 ribu lainnyameninggal. Tanggal 24 Maret diperingati dunia sebagai "HariTBC". Pada 24 Maret 1882 tersebut, Robert Koch di Berlin,Jerman, mempresentasikan hasil penyebab tuberkulosa yangditemukannya.
3. Macam-macam peradangan pada sistem Pernafasan, seperti:bronchitis, laringitis, faringitis, pleuritis, sinusitis.
4. Asfiksi, gangguan Pernafasan pada waktu pengangkutan danpenggunaan oksigen oleh jaringan, akibat tenggelam, pneumoniadan keracunan.
5. Asidosis, kenaikan kadar asam karbonat dan asam bikarbonatdalam darah.
6. Difteri, penyumbatan oleh lendir pada rongga faring yangdihasilkan oleh infeksi kuman difteri.
7. Pneumonia, infeksi yang disebabkan oleh virus atau bakteri padaalveolus yang menyebabkan terjadinya radang paru-paru.